Skønt 2.500 hektar af marsken har været fredet siden 1988, er antallet af fugle gået katastrofalt tilbage. Fuglene finder nemlig en stor del af deres føde, når marsken oversvømmes og dermed giver dem muligheder for at finde insekter og orme i de våde lavninger.

Men landmændene dræner områderne for at skabe bedre vilkår for deres dyrkning af jorden og ødelægger dermed vilkårene for fuglene.

I 2003 påtalte EU-Kommissionen, at fuglenes vilkår blev forringet. Det førte til, at man tilbød landmændene 2.000 kroner pr. hektar, hvis de ville ophøre med dræningen og dyrke jorden miljøvenligt. Det forbedrede forholdene i en periode. Men i 2007 blev beløbet nedsat til 1400 kroner, og så genoptog mange landmænd dræningen. Ialt er kun omkring 10 procent af Tøndermarsken beskyttet af frivillige aftaler med landmændene.

En statusrapport fra Danmarks Miljøundersøgelser oplyste i foråret 2010, at antallet af ynglepar i området ligger på under en fjerdedel af, hvad det burde være.

En ny »begrundet udtalelse« fra Kommissionen kan ifølge Danmarks Naturfredningsforening og Dansk Ornitologisk Forening føre til, at der bliver anlagt en egentlig retssag, hvor den danske regering vil stå svagt.